จุลินทรีย์กับสิ่งแวดล้อม ในปัจจุบันนิยมนำจุลินทรีย์มาช่วยรักษาสิ่งแวดล้อมให้สะอาดโดยเฉพาะในโรงงานอุตสาหกรรม ที่มีการปนเปื้อนของสารพิษเหล่านนี้อยู่ ทั้งที่ปนเปื้อนในแหล่งน้ำ และในดิน เช่น การนำจุลินทรีย์มาบำบัดสารมลพิษที่ย่อยสลายยากทั้งที่เป็นสารอินทรีย์และสารอนินทรีย์ โดยจุลินทรีย์เหล่านี้จะย่อยสลายสารมลพิษเหล่านี้ให้มีความเป็นพิษน้อยลง หรือย่อยจนสารพิษนั้นหมดไปทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความเป็นพิษของสารนั้นและชนิดของจุลินทรีย์ที่นำมาบำบัด
จุลินทรีย์กับการแพทย์ จุลินทรีย์ถูกนำมาใช้เป็นตัวกลางในการผลิตสารที่จำเป็นบางอย่างที่เกี่ยวข้องกับทางการแพทย์และการรักษาโรค ซึ่งตามปรกติแล้วสารเหล่านี้จะสกัดมาจากคนหรือสัตว์ซึ่งให้ปริมาณน้อยไม่เพียงพอต่อความต้องการ ทำให้มีราคาแพง การผลิตโดยจุลินทรีย์จะอาศัยเทคนิคทางพันธุวิศวกรรม ทำให้เราสามารถทำการตัดต่อยีน ที่เกี่ยวข้องกับการผลิตสารชนิดนั้น ๆ
จุลินทรีย์กับอุตสาหกรรม จุลินทรีย์มักนำมาใช้ส่วนใหญ่จะเกี่ยวกับอุตสาหกรรมอาหาร เช่น ยีสต์ (Yeast) Saccharomyces cerevisiae เป็นจุลินทรีย์ที่ใช้ในการผลิตเครื่องดื่มประเภทแอลกอฮอล์ ที่รู้จักกันดีคือ เบียร์ เหล้า และไวน์ เชื้อรา Aspergillus oryzae ใช้ผลิตอาหารและอาหารเสริม เช่น ซีอิ้ว เต้าเจี้ยว น้ำปลา น้ำส้มสายชู ปลาร้า แบคทีเรีย (Bacteria) ในจีนัสแลคโตเบซิลัส (Lactobacillus) ใช้ในการผลิตนมเปรี้ยว (cultured milk) ทุกชนิดได้ เชื้อรา Aspergillus niger ใช้ในอุตสาหกรรมอาหาร เป็นเครื่องปรุงรสอาหาร ในอุตสาหกรรมน้ำหมึก สีย้อม และใช้ในวงการแพทย์ เชื้อรา Aspergillus oryzae ใช้ในการทำให้ไวน์ เบียร์ และน้ำผลไม้ใสขึ้น ยีสต์ Saccharomyces cerevisiae ใช้ในอุตสาหกรรมทำลูกกวาด ไอศกรีม
จุลินทรีย์กับการเกษตร ส่วนใหญ่นิยมนำมาทำเป็นเชื้อ EM (ปุ๋ยชีวภาพ) ได้แก่ กลุ่มจุลินทรีย์สังเคราะห์แสง แลกโตบาซิลัส (Lactobacillus), เพนนิซีเลียม (penicillum), ไตรโคเดอมา (Trichoderma), ฟูซาเรียม (Fusarium), สเตรปโตไมซิส (Streptomysis) อโซโตแบคเตอ (Azotobacter) ไรโซเบียม (Rhizobium) ยีสต์ (yeast) รา ( mold ) เป็นต้น
